Grande e suggestiva struttura orientata ad est, costituita da un’unica navata separata dal presbiterio per mezzo di una parete aggiunta successivamente. Nella navata vi sono i resti di quattro cappelle gentilizie che appartenevano ad alcune famiglie nobili agatine.

Al di sotto della navata vi sono gli accessi alle cinque cripte dove venivano inumati i cadaveri, che al tempo erano richiuse da grandi lastre di pietra ancora visibili. Al di sotto del presbiterio vi è la cripta principale, utilizzata per seppellire le dignità ecclesiastiche.

Essa presenta un pozzo centrale attorno al quale vi sono undici nicchie scavate nella parete, che andavano ad accogliere i cadaveri.

Nella zona presbiteriale è ancora visibile parte del pavimento ed i resti dell’altare, che era dedicato a San Nicola da Mira, un santo di tradizione bizantina.

È visibile sulla parete sinistra una croce greca incisa nell’intonaco. All’esterno sul lato sinistro, vi sono i resti del campanile e della cappella del Santissimo Sacramento.